Ο Παύλος Μπακογιάννης γεννήθηκε στις 10 Φεβρουαρίου στα Βελωτά της Ευρυτανίας. Πατέρας του ήταν ο ιερέας του χωριού Κώστας Μπακογιάννης. Λόγω του εμφυλίου πολέμου, φοίτησε στα γυμνάσια Αγρινίου, Θέρμου, Καρπενησίου και Πάτρας.

Η τραγωδία του εμφυλίου, που την έζησε από κοντά σ’ ένα από τα κυριότερα θέατρά της, άφησε στην ψυχή τού νεαρού παιδιού ανεξίτηλα ίχνη.

Μετά την αποφοίτησή του από το Γυμνάσιο σπούδασε πολιτικές και οικονομικές επιστήμες στην Πάντειο, ενώ παράλληλα υπηρετούσε τη στρατιωτική του θητεία στο Λιμενικό Σώμα.

Στη συνέχεια πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στη Δυτική Γερμανία και ανακηρύχθηκε διδάκτορας Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου της Κωνσταντίας.

Δίδαξε στη Σχολή Πολιτικών Επιστημών του Πανεπιστημίου και στη Σχολή Δημοσιογραφίας τού Μονάχου και διηύθυνε για δέκα χρόνια το ελληνόφωνο πρόγραμμα της Ραδιοφωνίας της Βαυαρίας, που αναμεταδιδόταν στην Ελλάδα μέσω της «Ντόιτσε Βέλε». Λόγω της αντιδικτατορικής του δράσης την περίοδο της δικτατορίας, στερήθηκε της ελληνικής υπηκοότητας και του παραχωρήθηκε πολιτικό άσυλο στη Δυτική Γερμανία.

Σύμφωνα με μαρτυρία της συζύγου του Ντόρας Μπακογιάννη, το 1970 τοποθετήθηκε βόμβα στο σπίτι του στο Μόναχο και όπως του είχε πει η γερμανική αστυνομία υπεύθυνες ήταν οι ελληνικές μυστικές υπηρεσίες της εποχής.

Στην περίοδο της κυβέρνησης εθνικής ενότητας του Κωνσταντίνου Καραμανλή, όπως αναφέρει το sansimera, διετέλεσε αναπληρωτής γενικός διευθυντής του ΕΙΡΤ (νυν ΕΡΤ). Τον Δεκέμβριο του 1974 νυμφεύτηκε την Ντόρα Μητσοτάκη, κόρη του πολιτικού Κωνσταντίνου Μητσοτάκη. Το ζευγάρι απέκτησε δύο παιδιά, την Αλεξία (γ. 1976) και τον Κώστα (γ. 1978).

Στη συνέχεια εργάστηκε ως πολιτικός σχολιαστής στην εφημερίδα «Το Βήμα» και συνεργάστηκε με ραδιοφωνικά τηλεοπτικά ιδρύματα και έντυπα του εξωτερικού. Το 1982 ανέλαβε την ευθύνη για την έκδοση τού εβδομαδιαίου περιοδικού «Ένα», ιδιοκτησίας του τραπεζίτη Γιώργου Κοσκωτά. Παρέμεινε στο περιοδικό ως εκδότης – διευθυντής έως την απόλυσή του τον Φεβρουάριο του 1985, όταν ο μετέπειτα μεγαλοαπατεώνας άρχισε να φλερτάρει με το ΠΑΣΟΚ.

Εκτός από την πληθώρα άρθρων που δημοσίευσε σε ελληνικά και γερμανικά μέσα, έγραψε τα βιβλία «Στρατοκρατία στην Ελλάδα», που εκδόθηκε στα Γερμανικά στη Δυτική Γερμανία το 1972, και «Ανατομία τής ελληνικής πολιτικής», που εκδόθηκε στην Ελλάδα το 1977.

Από τον Νοέμβριο του 1985 έως τον Δεκέμβριο του 1986 ήταν πολιτικός σύμβουλος του προέδρου της Νέας Δημοκρατίας, Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και από τους πρωτεργάτες της πολιτικής τού κόμματος για την εθνική συμφιλίωση. Στις εκλογές της 18ης Ιουνίου 1989 εξελέγη βουλευτής στη μονοεδρική περιφέρεια της Ευρυτανίας με το κόμμα της Νέας Δημοκρατίας.

Ο Παύλος Μπακογιάννης, σύμφωνα με το sansimera, δολοφονήθηκε στις 26η Σεπτεμβρίου 1989, την ημέρα που η Βουλή επρόκειτο να αποφασίσει αν θα παρέπεμπε τον Ανδρέα Παπανδρέου στο Ειδικό Δικαστήριο για το σκάνδαλο Κοσκωτά, στο πλαίσιο της λεγόμενης «Κάθαρσης» ή «Βρώμικου 89» κατ’ άλλους.

Στις 7:58 το πρωί, πυροβολήθηκε από μία ομάδα τριών ενόπλων στην είσοδο του γραφείου του στην οδό Ομήρου στο Κολωνάκι. Διακομίστηκε βαρύτατα τραυματισμένος στο νοσοκομείο «Ευαγγελισμός», όπου εξέπνευσε μία ώρα αργότερα. Σύμφωνα με μαρτυρία της συζύγου του στη δίκη της 17Ν, ο Παύλος Μπακογιάννης είχε περάσει το προηγούμενο βράδυ της δολοφονίας του στα γραφεία του Συνασπισμού (νυν ΣΥΡΙΖΑ) κι έτσι το επίμαχο πρωινό είπε στον φρουρό του να μην τον συνοδεύσει ως το γραφείο του στο Κολωνάκι.

Την ίδια μέρα, σε πρωινή συνεδρίαση της Βουλής που μεταδιδόταν την ίδια ώρα από την τηλεόραση, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, χειροκροτούμενος απ’ όλες τις πτέρυγες, ευχήθηκε: «Να είναι το αίμα τού Παύλου Μπακογιάννη το τελευταίο που χύνεται άδικα σ’ αυτόν τον τόπο».

Την ευθύνη για τη δολοφονία του Παύλου Μπακογιάννη ανέλαβε με 12σέλιδη προκήρυξή της, που εστάλη στην εφημερίδα «Ελευθεροτυπία», στις 9 Οκτωβρίου 1989, η τρομοκρατική οργάνωση «17 Νοέμβρη». Στην προκήρυξή της με τίτλο «Άρχισε η κάθαρση» αναφερόταν μεταξύ άλλων ότι «Αποφασίσαμε λοιπόν να εκτελέσουμε τον απατεώνα και ληστή του λαού Μπακογιάννη.

Ο κύριος αυτός είναι υπεύθυνος όχι μόνο γιατί έκλεψε τα πρώτα 60 εκατομμύρια του ιδρυτικού κεφαλαίου της Γραμμής, αλλά και για τις εκατοντάδες εκατομμύρια που είτε έκλεψε μαζί με τον συνεργάτη του Κοσκωτά για την αύξηση του μετοχικού κεφαλαίου της Γραμμής, αλλά και για την αγορά μέσω της Γραμμής της Τράπεζας Κρήτης».

Για τη δολοφονία του Παύλου Μπακογιάννη καταδικάστηκαν στις 17 Δεκεμβρίου 2003, από το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων Αθηνών, σε ισόβια κάθειρξη ο Δημήτρης Κουφοντίνας, ο Ηρακλής Κωστάρης και ο Αλέξανδρος Γιωτόπουλος και σε 15 χρόνια κάθειρξη ο Σάββας Ξηρός και ο Βασίλης Τζωρτζάτος.